饶是如此，由于明王朝的举措，基本是与土司利益为对立面，故各地多有叛乱。其中，最大规模的便是乌蒙土司的叛乱，当然，最终亦被朝廷顺利镇压。
借鉴到明王朝的相关经验，李啸决定，在西南地区开始的改土归流工作，要根据土司具体情况，分成三大部份，分别对待并开展。
由于西南地域广阔，土司众多，李啸并没有急于求成的对所有的土司，来个一刀切的粗暴推进，而是首先将土司分成三个部分。
第一部分，是势力较小，兵马薄弱，但却与唐军关系较好，甚至在唐军征战西南，加入唐军或辅助唐军作战的当地土司。对于这部分土司，李啸决定，暂不对他们进行改土分流工作，而是继续保持原状。希望以这种方式，让这些土司继续维持与自已的友好关系。
这部份的土司改土归流工作，李啸打算最后进行，甚至在统一全国之后，再进行亦无不可。
第二部分，则是势力一般，兵马不多，与唐军关系也一般，在唐军攻伐西南时，采取中立态度的当地土司。李啸给他们限了一年的时间，准允他们逐步改进，让他们最终同意进行改土归流，让朝廷派驻官员，来代替一直实施的土司制度。
而第三部分，则是势力较大，兵马也多，但是却与唐军关系不佳，曾站于唐军对立面，后来却被迫臣服的当地大土司。对于这些土司，李啸决定首先拿他们开刀，要他们立刻整改，改土归流，不可违抗，以达到擒贼先擒王的效果。
于是，在李啸的密令下，西南各地的唐军各镇兵马，赶在朝廷召令前，悄悄来到了那些可能反叛的大土司之处驻扎安顿。
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